Uma coisa é muito bem definida no mestrado... se você tiver que fazer um Hello World esse Hello World será em C++. A comunidade acadêmica adotou o C++ como a linguagem padrão, claro que não questiono o desempenho e a qualidade da linguagem, já que nenhuma pessoa em sã consciência falaria mal do C++, mas a complexidade no desenvolvimento é muito maior que o Java onde eu já estou acostumado, ou qualquer outra linguagem mais moderna. Entrei no mestrado procurando novas experiências então confesso que vai ser legal aprender C++ 'mais' afundo. Já dizia o poeta: "No pain, no gain!"